Also die Lib für den Rotary die ich probiert habe basiert auf der hier: arduino/libraries/Rotary at master · buxtronix/arduino · GitHub
Die funktioniert fein wenn man die direkt über den Interrupt vom Port Expander ansteuert. Ich hab jetzt mal versucht die direkt in RotaryEncoder_Cyclic() aufzufuren, aber das funktioniert kaum. Ich versuche es mal beim Interrupt-Handler aufzurufen…
Schön wäre es, weil hier könnte man einfach statt digitalRead() Port_Read() verwenden und die Sache hätte sich. Typischer Fall von Denkste! 
Ausserdem funktioniert der RC522 nach dem Tiefschlaf nicht mehr. Das dürfte wohl mit den Anpassungen am SPI zu tun haben, oder? Ich hab den Code noch nicht geprüft.