Hmm, da fällt mir jetzt ehrlich gesagt auch nix zu ein. Dass man den ESP32 bei eingesteckter SD-Karte nicht flashen kann kenne ich nur, wenn man den einen PullUp-Widerstand auf dem SD-Modul nicht auslötet. Aber das würde mich ein bisschen wundern, wenn ich das vergessen hätte.
Was dir halt ansonsten eh noch bleibt, ist das Flashen per OTA. Da kompiliert man die Firmware in Platformio und kann sie dann über die Weboberfläche auf den ESP32 hochladen. Ganz ohne Verbindung per USB.