Vielleicht hilft das hier ja: Lolin D32 Pro Upload - Timeout.
Was ansonsten noch geht: Wenn du die Firmware kompilierst, dann liegt im Projektordner in {projekt}/.pio/build/{plattform}/firmware.bin.
Das kannst du über das Webinterface hochladen (OTA-Upload). Das Problem, das sich daraus nur ergeben kann, ist: Mitunter passiert es, dass der ESP32 im Anschluss weiterhin die alte Firmware startet. Dafür gibt es leider keinen Fix, das hat aber nix mit ESPuino zu tun.